2004年５月の朝鮮総聯第20回全体大会決定にもとづいて、祖国光復60周年と朝鮮総聯結成50周年を迎えるに当り、在日朝鮮人史を研究する朝鮮総聯中央本部直属の研究機関として発足した。
　 在日朝鮮人歴史研究所は、１世紀を超える在日同胞の歴史と、半世紀以上もあらゆる困難と試練を克服し勝利と栄光の道を歩んできた朝鮮総聯と在日朝鮮人運動の足跡を記録した史料を収集、整理、保存、研究して、在日同胞、とくに次世代に伝えることを時代的使命として活動している。
　 歴史研究所は金日成主席と金正日総書記の朝鮮総聯と在日同胞のための教え、指導と配慮にたいする史料をはじめ、祖国光復後の朝聯と民戦、とくに朝鮮総聯結成以後の全体大会、中央委員会などの重要な文書、運動と同胞生活を生き生きと反映した新聞、雑誌、ポスター、ビラ、写真および映像資料などを収集、整理している。
　 それとともに、在日同胞の100年の歴史が込められている生活実態資料、圧迫と搾取の状況、愛族愛国闘争の貴重な経験資料そして朝鮮総聯の各級機関と団体、事業体、学校の愛族愛国活動を示す沿革資料と個別人士の回顧記なども収集している。
　 歴史研究所では、同胞の惜しみのない支援の中で収集された貴重な資料を整理、保存して、同胞、とくに次世代に広く紹介していく構想のもとで活動している。